W strukturze organizacyjnej Klastra PIKMED działa Rada Klastra, która składa się z przedstawicieli każdego Uczestnika Klastra. Spośród członków Klastra wybierany jest na dwuletnia kadencję Przewodniczący Rady Klastra. Do jego kompetencji należy między innymi ustalanie terminu i miejsca spotkań Rady, porządku tych spotkań oraz ich prowadzenie.
Rada Klastra ma za zadanie przede wszystkim wyznaczać kierunek rozwoju Klastra, programy oraz strategię jego działania. Ponadto nadzoruje ona bieżącą realizację projektów i zadań w zakresie ich zgodności ze strategią działania Klastra. W celu podejmowania i realizowania wspólnych inicjatyw Rada Klastra może powoływać grupy zadaniowe. Wniosek taki może składać do Zarządu Klastra każdy członek Rady Klastra.
Szczegółowy wykaz kompetencji Rady Klastra znajduje się w Regulaminie Porozumienia Kooperacyjnego Polskiego Innowacyjnego Klastra Medycznego PIKMED.